Un appareil de PCR en temps réel à 48 puits et un thermocycleur à 96 puits peuvent tous deux être utilisés pour la PCR à haut débit. Ils diffèrent par leur capacité et leur méthode de détection. L'appareil à 48 puits permet la détection par fluorescence pendant l'amplification, tandis que le thermocycleur à 96 puits est conçu pour l'amplification conventionnelle avec des programmes de température en gradient. Cependant, le débit utilisable est également influencé par de nombreux paramètres externes, tels que le type de puits de contrôle, les puits de répétition, la durée de l'expérience, la préparation des échantillons, l'analyse des données, l'espace disponible sur la paillasse, le nombre de personnes disponibles et la possibilité de reprise après un échec.
Les laboratoires doivent généralement comparer la capacité d'échantillonnage utilisable, la méthode de détection, la taille des lots, l'espace disponible sur la paillasse et le coût par résultat valide, plutôt que de se baser uniquement sur le nombre de puits. Ceci est particulièrement important lorsqu'un système PCR en temps réel compact et un thermocycleur de plus grande capacité sont tous deux envisagés.
ARI Médical Système PCR en temps réel AR-48E/48R et Thermocycleur PCR AR-96T fournir une comparaison pratiqueariIl existe un juste milieu entre la détection compacte en temps réel et les cycles de gradient conventionnels plus volumineux. Leurs canaux optiques, leur capacité de gradient, leur stockage, leur récupération d'analyse, leurs dimensions et leurs exigences de flux de travail rendent le choix entre la PCR en temps réel et les cycles thermiques conventionnels plus pertinent qu'un simple comptage de puits.arifils seul.
Comparaison entre un thermocycleur PCR en temps réel à 48 puits et un thermocycleur à 96 puitsarifils de table
Pour les acheteurs effectuant une comparaison d'instruments PCRariMon fils, le tableau compare les deux instruments en fonction de leur capacité, de leur détection, de leur flux de travail, des facteurs de coûts et de leur adéquation probable au laboratoire, plutôt que de considérer le nombre de puits comme la seule différence.
Ne considérez pas les deux instruments comme équivalents.
Il ne faut pas comparer les deux instruments uniquement sur la base du nombre de puits, car l'un inclut la détection de fluorescence en temps réel tandis que l'autre se concentre sur l'amplification conventionnelle.
Comparer le chemin d'analyse
Extraction de la carte, contrôles, amplification, détection, rapports et gestion des répétitions avant de conclure qu'un plus grand nombre de puits est automatiquement préférable.
| Facteur | PCR en temps réel à 48 puits | Cycleur thermique à 96 puits |
|---|---|---|
| Capacité typique | 48 positions avant les contrôles et les répétitions | 96 positions avant les contrôles et les répétitions |
| Type de détection | Détection de la fluorescence pendant l'amplification | Amplification sans détection de fluorescence en temps réel |
| Meilleur rapport qualité/prix | Petits et moyens laboratoires, laboratoires mobiles, qPCR de routine | Lots plus importants et configuration PCR conventionnelle |
| Concentration sur le flux de travail | Canaux, fichiers de données, rapports, analyse CT | Optimisation du gradient, modèles, traitement par lots |
| Inducteur de coûts | Canaux, logiciels, analyses, flux de données | Taille des lots, consommables, planification de l'exécution |
| ARI Exemple médical | AR-48E/48R | AR-96T |
Combien d'échantillons une machine PCR à 48 ou 96 puits peut-elle traiter ?
Un appareil PCR à 48 puits n'est pas nécessaireariUn système 48 puits traite 48 échantillons par cycle, mais un appareil 96 puits n'en traite pas toujours 96. Les contrôles, les standards, les répétitions et les puits réservés réduisent la capacité d'échantillons utilisables. Un calcul réaliste est le suivant : nombre d'échantillons utilisables par cycle = nombre total de puits moins les contrôles, les puits d'étalonnage, les répétitions et les puits défaillants ou réservés. Si un cycle 48 puits utilise 4 contrôles et 4 répétitions, le nombre d'échantillons utilisables est de 40. Si un cycle 96 puits utilise 8 contrôles et 8 répétitions, le nombre d'échantillons utilisables est de 80. Ces chiffres sont donnés à titre indicatif uniquement. Le nombre réel de contrôles, standards, duplicatas, puits réservés et répétitions dépend du protocole d'analyse.
Commencez par des puits utilisables
Les contrôles, les standards, les duplicatas et les puits de répétition réduisent le nombre d'échantillons de patients pouvant être introduits dans une plaque nominalement pleine.
Débit PCR journalier utile = Nombre d'échantillons utilisables par cycle × Nombre de cycles complets par jour. Un cycle complet inclut la préparation, le chargement, l'amplification, la détection, l'analyse des résultats, le nettoyage et le temps de changement de dispositif. Une machine plus petite utilisée pour des lots complets peut parfois s'avérer plus économique qu'une machine plus grande avec de nombreux postes inutilisés ; le débit de la machine PCR doit donc être modélisé en fonction de la journée de travail réelle du laboratoire.
Par exemple, si un laboratoire a généralement besoin d'environ 30 résultats exploitables par lot de qPCR, une plaque 96 puits partiellement remplie peut présenter peu d'avantages pratiques si le test nécessite encore une détection de fluorescence en temps réel. Dans ce cas, un appareil de PCR en temps réel 48 puits sera plus adapté. Si les lots de PCR conventionnelle approchent régulièrement les 80 puits exploitables et que la détection en aval est déjà en place, un thermocycleur PCR 96 puits permettra d'utiliser la capacité disponible plus efficacement. Ceci est un exemple de scénario d'achat.ario; la capacité réelle dépend du protocole d'analyse.
Système PCR en temps réel ou thermocycleur conventionnel : lequel votre laboratoire a-t-il besoin ?
Choisissez un système de PCR en temps réel lorsque le laboratoire a besoin de valeurs Ct, de courbes d'amplification, de courbes de fusion, de génotypage, de quantification relative ou de rapports basés sur la fluorescence. Choisissez un thermocycleur conventionnel lorsque le besoin principal est l'amplification PCR conventionnelle, l'optimisation des gradients et la préparation de lots de routine à grande échelle sans détection en temps réel. Ce choix entre PCR en temps réel et thermocycleur conventionnel doit être effectué avant toute comparaison avec un autre système.ariet le nombre de puits.
Quand un laboratoire doit-il choisir un système PCR en temps réel à 48 puits ?
Un système de PCR en temps réel à 48 puits est utile lorsque le laboratoire a besoin de réaliser des analyses de fluorescence, des calculs de Ct, des courbes d'amplification et de fusion, des génotypages ou des analyses quantitatives par PCR (qPCR) de routine sur des lots de taille modeste. Le système de PCR en temps réel AR-48E/48R utilise un format à 48 puits. L'AR-48E offre quatre canaux de fluorescence, tandis que l'AR-48R en offre deux.
Lorsque la détection en temps réel est nécessaire
Choisissez une plateforme en temps réel lorsque le test nécessite une surveillance de la fluorescence et des résultats quantitatifs ou qualitatifs pendant le processus d'amplification.
ARI Le logiciel Medical met en avant un écran tactile de 7 pouces pour une utilisation autonome, une capacité de stockage de plus de 1 000 fichiers de données expérimentales, l'import/export USB, un balayage de fluorescence en deux secondes pour 48 puits et une reprise automatique des expériences après une coupure de courant. Ces caractéristiques sont essentielles pour les petits et moyens laboratoires qui ne peuvent pas se permettre d'utiliser un ordinateur dédié pour chaque analyse.
Comment les canaux de fluorescence affectent-ils la sélection en PCR en temps réel ?
Les canaux de fluorescence ne sont pertinents que s'ils sont utilisés dans les analyses. Un système temps réel à deux canaux convient aux besoins de détection les plus simples. Un système à quatre canaux permet une plus grande variété de combinaisons de colorants et le multiplexage si les analyses du laboratoire l'exigent. Avant d'acquérir des canaux supplémentaires, les acheteurs doivent lister les analyses, les fluorophores, les contrôles, les besoins en matière de rapports et les modes d'analyse logicielle actuels et prévus.
Quand un laboratoire doit-il choisir un thermocycleur à 96 puits ?
Un thermocycleur PCR 96 puits est adapté aux flux de travail nécessitant des lots PCR conventionnels importants, la mise en place répétée de protocoles ou l'optimisation de gradients, plutôt que la détection de fluorescence en temps réel. Le thermocycleur PCR AR-96T prend en charge les plaques 96 puits et jusqu'à 12 gradients par cycle, ce qui permet aux équipes d'optimiser les conditions d'hybridation pour l'ensemble d'un lot.
Lorsque le cycle de température est la tâche
Un thermocycleur à 96 puits convient aux flux de travail de préparation PCR où la détection en aval est effectuée séparément.
Sa page officielle mentionne un écran tactile de 7 pouces, plus de 1 000 programmes enregistrés, des modèles d'expériences préchargés, un port USB, une reprise automatique après une coupure de courant et des conduits d'aération à l'avant et à l'arrière permettant d'installer plusieurs unités côte à côte. Ce dernier point est important lorsqu'un laboratoire prévoit d'installer plusieurs instruments dans une même pièce.
Qu'est-ce qui compte le plus dans un thermocycleur conventionnel ?
Pour la PCR conventionnelle, les canaux de fluorescence ne sont pas le principal critère. L'uniformité de la température, la plage de gradient, le comportement du couvercle chauffant, le stockage des programmes, les consommables compatibles et la récupération de la réaction sont plus importants. C'est pourquoi le laboratoire doit choisir entre la PCR en temps réel et les cycles thermiques conventionnels avant de procéder à la PCR conventionnelle.aring compte bien seul.
De combien d'espace de paillasse a besoin une machine PCR ?
ARI Le service médical indique que les deux modèles de PCR mesurent 260 x 400 x 260 mm et pèsent 11 kg. L'espace disponible sur la paillasse est un élément essentiel du flux de travail en PCR. Vérifiez la ventilation, l'alimentation électrique, l'accès pour l'opérateur, l'espace de chargement des plaques, la proximité du processus d'extraction et la possibilité de placer plusieurs instruments côte à côte sans obstruer les conduits d'aération ou l'accès pour la maintenance. ARI Médical Profil de l'entreprise, solutions de laboratoire et ressources de service lors de la planification de l'installation, de la formation et du support à long terme.
Comptez le matériel de soutien
L'aménagement d'un poste de travail comprend les outils d'extraction, les pipettes, le stockage frigorifique, un ordinateur, les consommables et l'espace nécessaire au nettoyage et au post-traitement, et pas seulement l'encombrement de l'instrument.
Prix d'un résultat valable
Inclure les contrôles, les réactifs, les consommables, les cadences de répétition, la main-d'œuvre, la maintenance et les temps d'arrêt lors de la production.aricoût en ng par résultat.
Le coût par échantillon doit être calculé à partir des puits utilisables, et non du nombre total de puits. Il faut ajouter les consommables, les contrôles, les répétitions, le temps opérateur, la vérification, l'installation, la formation, la maintenance préventive, les logiciels ou le traitement des données, ainsi que les temps d'arrêt. La reprise après coupure de courant permet de gagner du temps et d'économiser les réactifs ; son comportement doit donc être pris en compte dans l'analyse des coûts. Il convient également de comparer le plus petit lot réalisable, car une série de 96 puits partiellement chargés peut coûter plus cher par échantillon valide qu'une série complète de 48 puits.
Conclusion
Quand compariPour un système de PCR en temps réel avec un thermocycleur conventionnel, choisissez un appareil 48 puits si la détection de fluorescence et un flux de travail compact sont prioritaires. Optez pour un thermocycleur conventionnel 96 puits si des lots plus importants et l'optimisation des gradients sont plus importants. Votre achat doit être basé sur la quantité d'échantillons utilisables, les besoins de l'analyse, le nombre de canaux, l'espace disponible sur la paillasse, le débit quotidien de l'appareil et le coût par cycle. contactez ARI Médical avec vos tailles de lots et vos exigences de protocole.
QFP
Quelle est la principale différence entre les appareils PCR à 48 puits et à 96 puits ?
Dans cette compétitionariAinsi, le modèle à 48 puits permet la détection de fluorescence en temps réel, tandis que le modèle à 96 puits est un thermocycleur à gradient conventionnel conçu pour des lots d'amplification plus importants sans mesure de fluorescence en temps réel.
Comment calculer le nombre d'échantillons PCR utilisables par cycle ?
Soustraire du nombre total de puits les puits de contrôle, les puits d'étalonnage, les puits de répétition et les positions réservées.
La PCR en temps réel est-elle la même chose qu'un thermocycleur ?
Un appareil de PCR en temps réel est un thermocycleur équipé d'un système de détection de fluorescence optique. Un thermocycleur conventionnel contrôle les températures d'amplification sans surveiller la fluorescence en temps réel.
De combien de canaux de fluorescence une machine PCR a-t-elle besoin ?
Le nombre approprié dépend des colorants utilisés pour le test, des plans de multiplexage, des besoins en matière de rapports et de la nécessité éventuelle de davantage de canaux pour les tests futurs.
Que se passe-t-il en cas de panne de courant pendant une réaction PCR ?
Certains systèmes proposent une reprise automatique des expériences après une coupure de courant, mais les acheteurs doivent vérifier le comportement exact de reprise pour le modèle choisi.
Quelle machine PCR dois-je acheter pour mon laboratoire ?
Choisissez un appareil de PCR en temps réel si votre flux de travail nécessite la détection de fluorescence, les valeurs Ct, les courbes d'amplification et de fusion, le génotypage ou la PCR quantitative. Pour les analyses quantitatives, il s'agit d'un appareil de qPCR. Optez pour un thermocycleur PCR 96 puits si vos besoins principaux concernent l'amplification conventionnelle, l'optimisation des gradients et le traitement de lots importants sans détection de fluorescence en temps réel. Comparez ensuite le nombre d'échantillons utilisables par cycle, la taille des lots, l'encombrement et le coût par résultat valide.